基金には、事業主と加入者の同数の代表で組織される代議員会と理事会が設置されています。

代議員会、理事会は定期的に開催され、基金運営に関する重要事項の審議・決定を行います。

代議員会	基金の規約、予算、決算、事業計画等を決める議決機関です。 代議員は事業主と加入者の代表が半数ずつ選出されます。
理事会	代議員会の議決事項を実行する執行機関です。 理事は代議員の中から互選によって、事業主と加入者の側から半数ずつ選出されます。
監　事	事業主、加入者から選ばれた代表により、基金運営が適正に行われているかを監査します。
事務局	年金給付や掛金の出納といった通常業務を実施します。
資産運用委員会	代議員とは別に、基金から諮問を受け、助言を行う機関です。事業主の指名により委員が選出されます。 専門的な立場から、基金の年金資産の運用に関して審議します。